实验室实行理事会领导下的主任负责制和学术委员会评审制，并成立多地多单位领导协调小组和实验室共建委员会。实验室协调领导小组在实验室筹备和建设阶段，讨论决定依托单位对实验室的建设的支持工作，包括学科关系、人员配置、福利待遇、后勤保障等方面进行了协调。同时，实验室邀请大型煤炭企业为理事会会员，坚持了科学研究和技术创新并举的方针，确保了在煤炭资源绿色智能化开采等科学技术领域站在国际前沿，技术创新积极面向国民经济建设的需要和煤炭工业主战场。

实验室设主任1名，副主任3名并向主任负责，分管技术研发和行政工作。实验室设办公室、学术委员会办公室、设备管理办公室，分别处理日常事务。办公室负责实验室日常统一管理，包括各项管理与工作制度的实施、条件建设、设备设施维修、科研成果、内外联系、学术活动、后勤保障、环境卫生等的统一管理。

实验室设立学术委员会，聘任煤炭行业领域知名专家担任委员，优化学术委员会的运行机制，建立国家重点实验室与学术委员会之间的信息传递和反馈机制，设立学术委员会的常务委员会制度，提高创新决策效率与科学性。实验室定期召开学术委员会会议，就实验室重要发展问题做出决策，审议批准实验室管理规章制度，开放课题、自主科研和大学生科技创新项目的课题指南、中期进展和结题报告评审等工作。

实验室设立独立党委，坚持和加强党的领导，建立理事会的最高决策权、学术委员会的学术指导权、实验室主任执行权的协调运行机制。实验室坚持和完善以理事会和学术委员会指导引领、实验室主任全面负责、重大事项由主任办公会集体决策、研究团队具体负责的“两地协同、统一管理、民主决策、分级负责”管理体制与模式，建立了制度健全、管理规范的实验室建设与管理制度体系。学校将实验室设立为实体化运行的二级单位，实行独立经费核算，在人、财、物等方面享有充分的自主权。